В 70-х годах в КБ В. Макеева велась разработка баллистической ракеты с двигателями на жидком топливе, которая должна была комплектоваться разделяющейся головной частью с боевыми блоками индивидуального наведения и составить конкуренцию <Посейдону>. За основу взяли вполне удачную конструкцию ракеты Р-29. С учетом того, что первая ступень ракеты полностью заимствована от предыдущей ракеты было принято решение начать летную отработку сразу с наземного стенда. С него выполнили 18 пусков ракет.
Совместные летные испытания Р-29Р проводились с ноября 1976 по октябрь 1978 года в Белом и Баренцевом морях на головной лодке проекта 667БДР <Кальмар>. Всего было запущено 22 ракеты, из них четыре в моноблочном, шесть в трехблочном и 12 в семиблочном снаряжении. Положительные результаты испытаний позволили принять на вооружение ракету с РГЧ ИН в составе ракетного комплекса Д-9Р в 1979 году.
Двухступенчатая Р-29Р выполнена по <уплотненной> схеме с <утопленными> в баках двигательными установками. Верхнее днище бака горючего второй ступени выполнено в виде конуса, в котором размещалась боевая ступень. Топливные баки заправлялись на заводе-изготовители, после чего ракета ампулизировалась. Ракеты могли запускаться как из подводного положения ,так и надводного положения.
В состав боевой ступени входят жидкостная двигательная установка, отсек боевой нагрузки с боевыми блоками и приборный отсек, в котором размещена аппаратура системы управления. Для преодоления системы противоракетной обороны противника боевая ступень может комплектоваться ложными целями.
Инерциальную систему управления переработали для решения задач разведения боеголовок, одновременно улучшив характеристики электроники. Аппаратура блока полной астрокоррекции учитывала ошибки определения курса и места подводной лодки, что позволило добиться повышения точности стрельбы.
В боевом отсеке ракеты могли размещаться три ядерных боевых блока мощностью по 200 кт или семь боевых блоков мощностью по 100 кт каждый, способных надежно поразить площадные цели на дальностях до 6500 км. Следует заметить, что американские <Посейдоны> также могли комплектоваться различным числом боеголовок. Один ракетоносец способен обеспечить нанесение удара одновременно по 112 целям.
В период с 1976 по 1984 год Северный и Тихоокеанский флоты получили от судостроителей 14 подводных лодок с комплексом Д-9Р. Головная лодка К-441 вступила в строй в декабре 1976 года. Все они находятся на вооружении российского ВМФ.
В ходе подготовки Договора СНВ-1 советской делегацией было заявлено, что РГЧ ракет этого типа могут быть переоборудованы для установки только четырех боевых блоков. Эта возможность сохраняется и для России.