Несмотря на то, что МКС стала новой вехой в развитии международного сотрудничества в космосе, ее проект неоднократно критиковался экспертами. Из-за проблем с финансированием и катастрофы Columbia были отменены наиболее важные эксперименты, например, запуск японско-американского модуля с искусственной гравитацией. Практическая значимость проводимых на МКС экспериментов не оправдывала затрат на создание и поддержку функционирования станции. Назначенный в 2005 году главой NASA Майкл Гриффин, хотя и называл МКС "величайшим инженерным чудом", заявлял, что из-за станции уменьшается финансовая поддержка программ освоения космоса роботизированными аппаратами и полетов человека на Луну и Марс. 
Исследователи отмечали, что проект станции, предусматривавший сильно наклоненную орбиту, существенно удешевлял полеты к МКС "Союзов", но делал дороже старты шаттлов.