В каком-то сугубо личном смысле Николай Федорович может показаться одиноким, обделенным тем интимным, душевным общением, которое дают любимая женщина. (Да, всю жизнь он прожил аскетом, питался в основном чаем с хлебом, спал три-четыре часа на голом сундуке, ходил круглый год в одном и том же стареньком пальто, все свое жалованье раздавал нуждавшимся ) Но у Николая Федоровича был бесконечно дорогой ему Дом, где грелось его сердце, где он чувствовал себя среди «родных, а не чужих», — Храм. Церковь питала его чувством причастности к проходящей через века, связующей живых и мертвых и уходящей в небо общечеловеческой общности. Многократно Федоров говорил о себе как о человеке, «воспитанном службою Страстных дней и Пасхальной утрени». И свое учение он называл Новой Пасхой. излагал в форме «пасхальных вопросов». Проходя душевную и интеллектуальную школу храмового образования, глубоко сердечно укореняя в себе идеал преодоления закона «мира сего», Николай Федорович грезил о том времени, когда христианство из молитвы превратится в Дело, выйдет из храма, когда литургия станет вне храмовой, вынесет свое тайно действие в мир, станет реальным пресуществлением праха в живые преображенные плоть и кровь.

На 80—90-е гг. приходится и его достаточно интенсивное общение со Львом Толстым и Владимиром Соловьевым. Отношения эти были неровными, прерывались и вновь восстанавливались и кончились разрывом. Федорова отличало одно изумлявшее всех качество: абсолютное нежелание запечатлеть, увековечить себя в истории как мыслителя, как культурного деятеля. Он если и выступал в печати, то всегда анонимно или под псевдонимом. Кроткий и уступчивый в личных отношениях, Федоров становился непримирим, когда речь шла об учении «всеобщего дела», которое он расценивал как доведенный до высокого градуса сознания голос веков и поколений (недаром и основное его сочинение написано в форме «Записки от неученых к ученым» как бы от имени этих народных масс. живущих и живших). От близких людей, от тех, с которых сама их духовная высота заставляла требовать многое, Николай Федорович не признавал ничего среднего между «да» и «нет». Все его попытки переложить на авторитетные плечи бремя вынесения в мир учения о воскрешении терпели провал. Хотя для самих кандидатов на эту должность — будь то для Достоевского, познакомившегося с идеями Федорова в письменном изложении перед работой над «Братьями Карамазовыми», или для Л. Н. Толстого и особенно для В. С. Соловьева — их контакт с личностью и идеями Федорова остался далеко не бесследным.

В последние годы жизни философ начинает напряженно работать над окончательным приведением своих рукописей в порядок для скорейшего их обнародования уже под собственным именем, но его труд прерывает неожиданная смерть. Николай Федорович скончался 28 декабря 1903 г. в Мариинской больнице для бедных от двустороннего воспаления легких. Перед смертью он передал все бумаги своему ученику В. А. Кожевникову. Похоронен Федоров на кладбище Скорбященского монастыря. Могила философа памяти, призывавшего живых обратиться сердцем и умом к кладбищам, была снесена в 1929 г.; место последнего упокоения было утрамбовано под игровую площадку. Осуществилось его пророчество о нравственном одичании, одним из симптомов которого станет «превращение кладбищ в гульбища», а «сынов человеческих» в "блудных сынов, пирующих на могилах отцов».

Работу по подготовке к изданию написанного Федоровым завершили его ученики и последователи Н. П. Петерсон и В. А. Кожевников, выпустившие два тома «Философии общего дела»: первый — в 1906 г. в городе Верном (ныне Алма-Ата). второй — в 1913 г. в Москве. Подготовленный к печати третий том статей и писем Федорова так и не увидел свет. Отрывки из него вошли в изданные в 1982 г. «Сочинения» мыслителя.

Свое учение Федоров называл активным христианством, раскрыв в глубинах «Благой вести» Христа прежде всего ее космический смысл: призыв к активному преображению природного, смертного мира в иной, не-природный, бессмертный божественный тип бытия (Царствие Небесное). Требование активности человека вытекает из основоположений христианской антропологии, как ее понимает мыслитель: Бог создает и совершенствует человека через него самого, начиная с первого акта его самодеятельности — принятия вертикального положения и дальнейшего его трудового устроения. Федоров высказывал и такую проницательную мысль: Бог учит человека «так сказать, гевристически, т. е. человек должен не только вложить собственный труд, весь ум, все свое искусство в великое дело воскрешения, но и додуматься до необходимости собственного участия в нем», а человечество — воспитать из себя коллективное орудие, достойное того, чтобы через него могла начать активно действовать Божья воля.